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Dieser Artikel bietet eine Übersicht der Volksabstimmungen in der Schweiz im Jahr 1999.
In der Schweiz fanden 1999 auf Bundesebene zehn Volksabstimmungen statt, im Rahmen dreier Urnengänge am 7. Februar, 18. April und 13. Juni. Dabei handelte es sich um drei obligatorische Referenden, eine Volksinitiative und sechs fakultative Referenden.